鱼鳞生产胶原蛋白肽目前最受万众瞩目的莫过于生物酶法水解。鱼鳞胶原蛋白肽生产可用酶制剂很多，比如木瓜蛋白酶、中性蛋白酶、碱性蛋白酶等。不同酶制剂因作用点以及位点的不同，对鱼鳞胶原蛋白水解度的酶解影响是不一样。以氨基酸为指标，确定最佳工艺是利用复合蛋白酶对鱼鳞胶原蛋白进行水解，得到的小分子鱼鳞胶原蛋白肽得率高、酶制剂成本低、无苦味。