罗非鱼下脚料中的鱼皮、鱼鳞都可以用来生产鱼胶原蛋白肽，但鱼鳞处理起来工序繁琐，需要脱灰脱钙处理，在鱼胶原蛋白生产过程中多以鱼皮胶原蛋白肽为主。运用木瓜蛋白酶酶解罗非鱼皮制取胶原蛋白肽的工艺过程中，因木瓜蛋白酶是内切蛋白酶，其酶解原理是在酶制剂作用下切断鱼皮胶原蛋白内部的肽键，从而形成短链肽，但被切割后的肽链断裂，会使一部分苦味氨基酸基团暴露，从而导致罗非鱼皮酶解后制备的胶原蛋白肽口感苦。

胶原蛋白是离我们生活最近的物质，在日常消费品中，比如化妆品、保健食品及软糖中也会添加胶原蛋白或胶原多肽原料。市面上的胶原蛋白主要有两种，一种是鱼鳞胶原蛋白，还有一种是鱼皮胶原蛋白。那么鱼皮鱼鳞酶解提取胶原蛋白哪个好呢？答案很明显是鱼皮胶原蛋白好。鱼皮酶解提取胶原蛋白肽相对鱼鳞提取都更好一些，尤其是从生产工艺以及环保角度考虑都是最具优势的。从环保的角度考虑，鱼鳞含有丰富的钙，提取胶原蛋白免不了使用工业强酸强碱脱钙的过程，众所周知，强酸强碱具有很强的腐蚀性，会影响呼吸道，肠胃等的正常功能，过度摄取会引起中毒反应。现在人的生活水平越来越高，对胶原蛋白的需求度增加的同时也更加注重环保健康问题，酶制剂处理的鱼鳞鱼皮胶原蛋白肽水解彻底、收率高，颜色浅，无异味、无苦味、无腥味，可广泛应用于食品、保健品、化妆品等行业！

胶原蛋白肽是采用生物酶解技术从胶原蛋白中制备获得的低分子量胶原蛋白肽类混合物，其分子量分布一般在1000道尔顿以下。与胶原蛋白相比，胶原蛋白肽分子量更低，具有更好的消化吸收性。制备胶原蛋白肽常见的原料有鱼皮、鱼鳞、猪牛皮、鱼骨、牛骨等，但由于受到疯牛病、口蹄疫和禽流感等高致病性传染病的恐惧，由猪牛皮、牛骨中提取胶原蛋白的方式已被淘汰，目前极大部分的商家都专注于鱼鳞、鱼皮酶解制备胶原蛋白肽。