酶解金枪鱼粉制备金枪鱼蛋白多肽可用的酶制剂有木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶、中性蛋白酶、海产品水解专用酶以及风味酶。不同来源的蛋白酶，酶解的作用位点及切位点不一样，同一种原料，得到的多肽、小肽、低聚肽以及氨基酸的含量也是不一样的。