罗非鱼下脚料中的鱼皮、鱼鳞都可以用来生产鱼胶原蛋白肽，但鱼鳞处理起来工序繁琐，需要脱灰脱钙处理，在鱼胶原蛋白生产过程中多以鱼皮胶原蛋白肽为主。运用木瓜蛋白酶酶解罗非鱼皮制取胶原蛋白肽的工艺过程中，因木瓜蛋白酶是内切蛋白酶，其酶解原理是在酶制剂作用下切断鱼皮胶原蛋白内部的肽键，从而形成短链肽，但被切割后的肽链断裂，会使一部分苦味氨基酸基团暴露，从而导致罗非鱼皮酶解后制备的胶原蛋白肽口感苦。

罗非鱼浑身都是宝，鱼肉鲜美，鱼皮、鱼鳞蛋白质含量高，所以罗非鱼皮常被用来制取胶原蛋白肽，产品广泛应用于功能食品、保健品、高级化妆品等领域。制备罗非鱼皮胶原蛋白肽的传统方法主要有酸法、碱法。酸法和碱法因产品残留有化学成分、产品级别低，污染环境等问题被生物酶法所取代，那么如何运用生物酶法对罗非鱼皮进行酶解呢？不同蛋白酶酶解得到的罗非鱼皮胶原蛋白肽水解度不同，其分子量分布随着酶系有差异，选择最适的蛋白酶系对胶原蛋白肽的分子量分布至关重要。