鱼皮水解制备胶原蛋白肽常用的酶制剂有木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶、中性蛋白酶、胰酶。木瓜蛋白酶含有212氨基酸的单一多肽，分子量为23KDa，是一种半胱氨酸蛋白酶内切水解酶，多用于嫩肉粉、酵母抽提物、动植物多肽、咸味香精生产；碱性蛋白酶分子量约为27300，是丝氨酸型的内切蛋白酶，多用于咸味香精、动植物多肽、酵母抽提物生产。中性蛋白酶多用于动植物多肽、皮革加工软化脱毛，烘焙降低面团筋度、医药生产；胰酶多用于动物蛋白水解生产高级调味品及食品强化剂。经实验研究得出，木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶是制备胶原蛋白肽使用最广泛的酶制剂，不同来源的蛋白酶，切位位点不一样，得出的酶解效果也不一样得到的多肽、小肽、游离氨基酸等组合不同，造成酶解后的口感和功效的差异。