发酵酶解的大豆蛋白分子量较小约1000道尔顿左右，平均分布可以在600～2800D之间，这类蛋白的支链性以及有利SH基团数量较多且活跃，容易相互形成凝胶效果，同时发酵过程中产生的多糖等物质，也容易与蛋白肽形成复杂的结构。由于这几种分子结构复杂性高，相互作用大，在水溶液体系中产生较强的粘性。这对大规模工业生产工艺产生影响，也是大豆蛋白工业化技术的核心问题之一。